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財政部南區國稅局表示，廠商即使取得專利權，相關的研發費用，也不一定可以列報投資抵減的租稅優惠。

南區國稅局最近查核某公司94年度所得稅結算申報案件時，發現該公司申報研究與發展支出的租稅減免項目，專供研究發展單位研究用全新儀器設備的購置成本300餘萬元，除包含一些非專供研究用的辦公設備，如辦公室傢俱、屏風組、辦公桌椅外；還有一些儀器設備雖專供研究發展使用，但該公司已申請適用購置自動化設備投資抵減，有重複列報情形。

因此，國稅局未核准這批儀器設備適用研究與發展支出的抵稅優惠，予以補稅90餘萬元。國稅局表示，促進產業升級條例規定的租稅減免範圍，包括購置自動化設備或技術的投資抵減、投資於研究與發展及人才培訓支出的投資抵減，而廠商的有關支出，除不得重複適用上述租稅減免外，還需注意不可與投資資源貧瘠或發展遲緩鄉鎮地區的投資抵減重複適用。

另外，廠商取得專利權的相關研究發展支出費用，也不一定能適用促進產業升級條例的抵減規定。南區國稅局說，由於專利法的立法目的是，為鼓勵、保護、利用發明與創作，以促進產業發展；與促進產業升級條例的立法目的，為促進產業升級、健全經濟發展，並不盡相同，公司取得專利權，不必然能適用投資抵減稅額，仍須有從事相關產業升級的研究發展支出事實，才可適用抵減稅額。